Si você quiser um subdomínio com sua própria estrutura de arquivos, deverá adicioná-lo aos seus registros DNS com um registro A, por exemplo main.domain, e atribuí-lo ao seu IP.
Se você quiser ter um subdomínio em seu domínio, você pode editar seu domínio e adicioná-lo da mesma forma que fez para esse domínio. Por exemplo, domain.com, main.domaim.com